基金の運営は、議決機関として代議員会を置き、執行機関として理事会を置いています。
代議員の任期は3年で、定数を34人とし、その半数は事業主側から選定、他の半数は加入者から互選されます。
理事の定数は16人で、その半数は選定代議員において、他の半数は互選代議員において、それぞれ互選されます。
理事の中から理事長が選任され、基金の最高責任者として基金の業務を総括します。また、理事の中から常務理事が1人、理事長により指名されて、理事長を補佐し基金の日常業務を処理します。さらに、運用執行理事が1人、理事長から指名されて積立金の管理運用に関する業務にあたります。